Pada pembahasan kali ini, saya akan
membahas tentang aplikasi kimia yang dapat dijalankan pada sistem operasi
berbasis linux ini, salah satunya adalah aplikasi qutemol.
Qutemol
merupakan salahsatu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk dipelajari di
linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang
cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.
Aplikasi
ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan keinginan serta
pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk meningkatkan kejelasan
serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul secara luas sehingga
kita akan lebih mudah dalam memahami visual molekul yang akan diamati dalam
bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.
1. Dalam
melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari
file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal ini dikarena
aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb
dan .vdb). sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini adalah sebagai
berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi ini akan
memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:
2. Klik ikon
browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file dengan format .pdb
yang merupakan file molekul yang akan diamati.
3. Pilih
file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini
saya akan mengguna kan file H2O.pdb
4. Untuk
melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan
keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati yakni
dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari jendela aplikasi
qutemol.
keinginan
untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya adalah
dengan memilik (klik) menu-menu yang ada pada tab preset, maka bentuk molekul
akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah beberapa contohnya
yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan
‘Simulated S.E.M. 1′ .
6. Selanjutnya
pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan
molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.
7. Pada
tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan
lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul,
background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.
8.
Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi ini juga
dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni dengan cara klik ikon
capture sepererti pada gambar dibawah ini.
9. Pilih
lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam
bentuk file gambar .png
0 komentar:
Posting Komentar